在施行近20年后，《中华人民共和国海关稽查条例》完成了再次修订。
7月1日，国务院公布了《国务院关于修改〈中华人民共和国海关稽查条例〉的决定》，增加了包括可以向行业协会收集进出口活动有关信息等在内的基础性措施，并提高了违法行为的罚款金额，新条例将从10月1日起施行。
所谓的海关稽查是指，海关自进出口货物通关之日起的一定期限内，可以对与进出口货物直接有关的企业、单位的会计账簿、单证等有关资料和进出口货物实施稽核、检查，以监督进出口活动的真实性和合法性。
在6月公布的“《中华人民共和国海关稽查条例(修订征求意见稿)》说明”中称，海关监管业务量不断增大，进出口企业对通关便利的要求不断提高，海关有效监管和高效运作的矛盾日益凸显，迫切需要改革传统监管模式，将集中力量实施口岸通关监管调整为分流部分企业(主要是高信用企业)及其货物到事前和事后监管环节来管理，缓解通关监管的压力，即实现海关监管的“前推、后移”。
数据显示，2015年监管进出口货运量39.5亿吨，这一数字与1979年至1998年间海关累计监管的进出口货运量大体持平。
新版的海关稽查条例一共作出了19个项修改，包括一些与上位法进行衔接的内容，例如，根据《海关法》规定，对保税货物和减免税货物的稽查期限为“海关监管期限内及其后三年内”， 将《条例》中“经海关关长批准”修改为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”。
此外，还增加了海关可向行业协会收集进出口活动有关信息，新条例明确，“海关根据稽查工作需要，可以向有关行业协会、政府部门和相关企业等收集特定商品、行业与进出口活动有关的信息。”
同时也加入了社会机构的参与程度，海关可以委托会计、税务等方面的专业机构就相关问题作出专业结论的规定;被稽查人委托专业机构作出的专业结论，可以作为海关稽查的参考依据。
值得注意的是，此前征求意见稿中，“个人”也被加入稽查对象之列，因为《对外贸易法》规定个人也可以从事对外贸易。不过，新版的海关稽查条例中最终并未加入。
国务院关于修改《中华人民共和国海关稽查条例》的决定
国务院决定对《中华人民共和国海关稽查条例》作如下修改：
一、将第二条修改为：“本条例所称海关稽查，是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内及其后的3年内，对与进出口货物直接有关的企业、单位的会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料(以下统称账簿、单证等有关资料)和有关进出口货物进行核查，监督其进出口活动的真实性和合法性。”
二、增加一条，作为第四条：“海关根据稽查工作需要，可以向有关行业协会、政府部门和相关企业等收集特定商品、行业与进出口活动有关的信息。收集的信息涉及商业秘密的，海关应当予以保密。”
三、将第六条改为第七条，并将第一款中的“与进出口活动直接有关的企业、单位”修改为“与进出口货物直接有关的企业、单位”;将第二款中的“应当自进出口货物放行之日起保管3年”修改为“应当在本条例第二条规定的期限内保管”。
四、将第七条改为第八条，修改为：“与进出口货物直接有关的企业、单位会计制度健全，能够通过计算机正确、完整地记账、核算的，其计算机储存和输出的会计记录视同会计资料。”
五、删去第八条。
六、将第九条修改为：“海关应当按照海关监管的要求，根据与进出口货物直接有关的企业、单位的进出口信用状况和风险状况以及进出口货物的具体情况，确定海关稽查重点。”
七、将第十条修改为：“海关进行稽查时，应当在实施稽查的3日前，书面通知被稽查人。在被稽查人有重大违法嫌疑，其账簿、单证等有关资料以及进出口货物可能被转移、隐匿、毁弃等紧急情况下，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，海关可以不经事先通知进行稽查。”
八、将第十四条中的“经海关关长批准”修改为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”。
九、将第十五条修改为：“海关进行稽查时，发现被稽查人有可能转移、隐匿、篡改、毁弃账簿、单证等有关资料的，经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准，可以查封、扣押其账簿、单证等有关资料以及相关电子数据存储介质。采取该项措施时，不得妨碍被稽查人正常的生产经营活动。
“海关对有关情况查明或者取证后，应当立即解除对账簿、单证等有关资料以及相关电子数据存储介质的查封、扣押。”
十、将第十六条中的“经海关关长批准”修改为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”;将“封存”修改为“查封、扣押”。
十一、增加一条，作为第二十一条：“海关进行稽查时，可以委托会计、税务等方面的专业机构就相关问题作出专业结论。
“被稽查人委托会计、税务等方面的专业机构作出的专业结论，可以作为海关稽查的参考依据。”
十二、将第二十一条改为第二十二条，修改为：“海关稽查组实施稽查后，应当向海关报送稽查报告。稽查报告认定被稽查人涉嫌违法的，在报送海关前应当就稽查报告认定的事实征求被稽查人的意见，被稽查人应当自收到相关材料之日起7日内，将其书面意见送交海关。”
十三、将第二十二条改为第二十三条，增加一款，作为第二款：“海关应当在稽查结论中说明作出结论的理由，并告知被稽查人的权利。”
十四、将第二十五条改为第二十六条，并将其中的“违反海关监管的行为”修改为“违反海关监管规定的行为”;增加一款，作为第二款：“与进出口货物直接有关的企业、单位主动向海关报告其违反海关监管规定的行为，并接受海关处理的，应当从轻或者减轻行政处罚。”
十五、将第二十九条改为第三十条，修改为：“被稽查人有下列行为之一的，由海关责令限期改正，逾期不改正的，处2万元以上10万元以下的罚款;情节严重的，撤销其报关注册登记;对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员处5000元以上5万元以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任：
“(一)向海关提供虚假情况或者隐瞒重要事实;
“(二)拒绝、拖延向海关提供账簿、单证等有关资料以及相关电子数据存储介质;
“(三)转移、隐匿、篡改、毁弃报关单证、进出口单证、合同、与进出口业务直接有关的其他资料以及相关电子数据存储介质。”
十六、将第三十条改为第三十一条，修改为：“被稽查人未按照规定编制或者保管报关单证、进出口单证、合同以及与进出口业务直接有关的其他资料的，由海关责令限期改正，逾期不改正的，处1万元以上5万元以下的罚款;情节严重的，撤销其报关注册登记;对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员处1000元以上5000元以下的罚款。”
十七、删去第三十二条。
十八、增加一条，作为第三十二条：“被稽查人未按照规定设置或者编制账簿，或者转移、隐匿、篡改、毁弃账簿的，依照会计法的有关规定追究法律责任。”
十九、对部分条文作以下修改：
(一)在第一条中的“制定本条例”前增加“根据《中华人民共和国海关法》(以下简称海关法)”。
(二)将第三条、第五条中的“与进出口活动直接有关的企业、单位”修改为“与进出口货物直接有关的企业、单位”;删去第三条第六项中的“从事”。
(三)将第十九条中的“或其指定的代表”修改为“或者其指定的代表”。
(四)将第二十四条改为第二十五条，并将其中的“封存”修改为“查封、扣押”。
(五)将第三十一条改为第三十三条，并将其中的“行政处分”修改为“处分”。
本决定自10月1日起施行。
《中华人民共和国海关稽查条例》根据本决定作相应修改并对条文序号作相应调整，重新公布。
