对于女职工在孕期休长病的情况，根据上海市的有关文件，主要有以下处理原则：
1、职工应履行请病假手续，提供符合法律要求的病假单。一般由医疗单位开具病假条(通常为2周/次)，并由职工提交给企业。经企业审核通过后，职工开始休病假。
2、在长病假前六个月内，企业支付病假工资，具体标准如下：
连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发;
连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发;
连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发;
连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发;连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
本人工资按“职工正常情况下实得工资的70%计算。”
说明1：总体上是在原有实得工资的基础上“折上加折”。
说明2：“职工正常情况下实得工资”是包含在职在岗期间的奖金、津贴、补贴等。因休病假的职工未能正常参加工作，因此前述因生产工作而产生的工资性收入是无法享受的，典型的示例如高温补贴。
3、在长病假六个月期满后，企业支付疾病救济费，具体标准如下：
职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费，其中连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发;连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发;连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。
4、病假待遇低的“两个保底”和病假待遇高的“一个封顶”，具体标准如下：
第一个保底：职工疾病或非因工负伤休假待遇低于本企业月平均工资40%的，应补足到本企业月平均工资的40%。
第二个保底：职工疾病休假工资或疾病救济费不得低于当年本市企业职工最低标准的80%。企业职工疾病休假工资或疾病救济费最低标准不包括应由职工个人缴纳的养老、医疗、失业保险费和住房公积金。
以上是上海市关于怀孕女职工请病假，在病假期间的工资发放标准。
拓展阅读：怀孕女工合同期满怎么办
一、怀孕女工合同期满怎么办
劳动法在关于解除劳动合同的规定中，对“三期”(孕期、产期、哺乳期)内的女职工给予了特殊保护，即对三期内的女工，企业不得在女工无主观过错的情况下，与其解除劳动合同。但在劳动合同终止的规定中，只是笼统的规定了，劳动合同期满，劳动合同即行终止。但是劳动部门在关于贯彻劳动法若干问题意见中，从女职工的生育及哺乳期等实际情况出发，又做了补充规定：“劳动者在孕期、产期、哺乳期内，劳动合同期限届满时，用人单位不得终止劳动合同，合同期限应自动延续至相应的期限届满为止。
二、怀孕女工有哪些权利
我国的劳动法，劳动合同法，妇女权益保障法，女职工劳动保护条例等法律法规，以及许多地方的地方性法规都对保护怀孕妇女职工作了规定，赋予了怀孕女职工的法律权利，概括起来说，怀孕女职工有以下的法律权利：
第一，怀孕女职工有不被解聘的法律权利。《中华人民共和国妇女权益保障法》明确规定：任何单位不得以结婚、怀孕、产假、哺乳等为由，辞退女职工或单方解除劳动合同。《劳动法》第29条规定：女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同。
第二，怀孕女职工有要求调换适合孕妇工作的权利。在我国，几乎所有的工作领域都有妇女的身影，妇女怀孕后，有些岗位就不再适应，例如实行“三班倒”的工作， 怀孕的妇女在后期，就不适合继续实行“三班倒”的工作时间模式;从事活动强度比较大的或者重体力劳动的工作，就需要调整相对比较轻松，活动强度不大的工作岗位;对从事有可能影响胎儿发育的直接接触油漆、化工等工作岗位的，更要给以调换，各用人单位要在力所能及的情况下给孕妇职工调换工作，以适合孕妇的生理 要求。
第三，怀孕女职工有在工作时间孕期保健和产前检查的权利。对怀孕女职工的产前检查(包括妊娠十二周内的初查)，用人单位要提供方便，在劳动时间进行产前检查的，按出勤对待，不能按病假、事假、矿工处理;有定额考核的工种应扣除相应的劳动定额。
第四，怀孕妇女的休息权。对怀孕7个月以上(含7个月)的女职工不得安排从事夜班和加班劳动，每天给予工间休息1小时，算作劳动时间。怀孕的妇女由于种种原因而终止妊娠，享有终止妊娠后的休息权。女职工怀孕流产的，应当根据医务部门的证明，给予一定时间的产假。女职工怀孕不满4个月流产时，给予15～30天 的产假;怀孕满4个月以上流产者，给予42天产假。产假期间工资照发。
根据法律当中对女职工三期的保护，要是女职工在怀孕期间劳动合同刚好到期的话，那么单位是不能在其无主观过错的情况下，解除与其的劳动合同的。
