若按武书连版排行榜看，牡丹江医学院2018年全国排名第590位，在黑龙江排名第20位。以下是牡丹江医学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 分省排名 | 类型 | 参考类型1 | 参考类型2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018 | 590 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 20 | 医药 | 医学类 | 教学2型 |
若按校友会版大学排行榜看，牡丹江医学院2019年全国排名第604位；2018年全国排名第518位；2017年全国排名第569位；2016年全国排名第509位；2017年全国排名第506位；全国排名第472位；2013年全国排名第546位；2012年全国排名第508位。以下是牡丹江医学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019 | 604 | 牡丹江医学院 | 1 | 黑龙江 | 医药 | 特色型-医科类 | 区域知名大学 |
| 2018 | 518 | 牡丹江医学院 | 1 | 黑龙江 | 医药 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2017 | 569 | 牡丹江医学院 | 1 | 黑龙江 | 医药 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2016 | 509 | 牡丹江医学院 | 1 | 黑龙江 | 医药 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2015 | 506 | 牡丹江医学院 | 1 | 黑龙江 | 医药 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2014 | 472 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 医药 | 应用型 | ||
| 2013 | 546 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 医药 | |||
| 2012 | 508 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 医药 |
若按最好大学版排行榜看，牡丹江医学院2019年综合实力排名第60位；2018年综合实力排名第391位；2017年综合实力排名第474位。以下是牡丹江医学院综合实力排名表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 新生高考成绩得分 | 毕业生就业率 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2019 | 60 医 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 35.6 | 95.77% |
| 2018 | 391 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 36 | 91.34% |
| 2017 | 474 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 33.7 |
若按金平果版本科院校排行榜看，牡丹江医学院2018年全国排名第736位；2017年全国排名第698位；2016年全国排名第676位；2017年全国排名第635位。以下是牡丹江医学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 省排名 |
|---|---|---|---|---|
| 2018 | 736 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 25 |
| 2017 | 698 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 25 |
| 2016 | 676 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 24 |
| 2015 | 635 | 牡丹江医学院 | 黑龙江 | 24 |
