南京最好的大学排名第一的是南京大学，排名第二的是东南大学，排名第三的是南京农业大学。下面是南京市具体的大学排名。
| 名次 | 学校名称 | 类型 | 全国排名 |
| 1 | 南京大学 | 综合 | 7 |
| 2 | 东南大学 | 综合 | 22 |
| 3 | 南京农业大学 | 农林 | 39 |
| 4 | 河海大学 | 理工 | 44 |
| 5 | 南京师范大学 | 师范 | 46 |
| 6 | 南京理工大学 | 理工 | 48 |
| 7 | 南京航空航天大学 | 理工 | 53 |
| 8 | 南京工业大学 | 理工 | 96 |
| 9 | 中国药科大学 | 医药 | 122 |
| 10 | 南京邮电大学 | 理工 | 129 |
| 11 | 南京医科大学 | 医药 | 130 |
| 12 | 南京林业大学 | 农林 | 160 |
| 13 | 南京信息工程大学 | 理工 | 164 |
| 14 | 南京中医药大学 | 医药 | 191 |
| 15 | 南京财经大学 | 财经 | 260 |
| 16 | 南京审计大学 | 财经 | 364 |
| 17 | 南京工程学院 | 理工 | 370 |
| 18 | 金陵科技学院 | 综合 | 459 |
| 19 | 南京晓庄学院 | 师范 | 508 |
| 20 | 江苏第二师范学院 | 师范 | 638 |
| 21 | 南京特殊教育师范学院 | 师范 | 699 |
南京排名第一的民办大学是三江学院。以下是南京最好的民办大学排名：
| 名次 | 学校名称 | 类型 | 全国排名 |
| 1 | 三江学院 | 综合 | 38 |
在南京，最好的独立大学排名第一的是南京大学金陵学院，排名第二的是中国传媒大学南广学院，排名第三的是东南大学成贤学院。下面是南京市详细的大学排名。
| 名次 | 学校名称 | 类型 | 全国排名 |
| 1 | 南京大学金陵学院 | 综合 | 9 |
| 2 | 中国传媒大学南广学院 | 艺术 | 12 |
| 3 | 东南大学成贤学院 | 综合 | 28 |
| 4 | 南京航空航天大学金城学院 | 理工 | 49 |
| 5 | 南京信息工程大学滨江学院 | 综合 | 73 |
| 6 | 南京理工大学紫金学院 | 理工 | 94 |
| 7 | 南京工业大学浦江学院 | 综合 | 118 |
| 8 | 南京师范大学中北学院 | 综合 | 190 |
| 9 | 南京审计大学金审学院 | 综合 | 198 |
