2022年，第二轮双一流大学名单公布，南京信息工程大学只有大气科学1个，以下是具体名单一览表。
| 序号 | 双一流学科名单 |
| 1 | 大气科学 |
| 序号 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 南京信息工程大学 | 大气科学 | A+ |
| 2 | 南京信息工程大学 | 计算机科学与技术 | B |
| 3 | 南京信息工程大学 | 数学 | B- |
| 4 | 南京信息工程大学 | 科学技术史 | B- |
| 5 | 南京信息工程大学 | 环境科学与工程 | B- |
| 6 | 南京信息工程大学 | 信息与通信工程 | C+ |
| 7 | 南京信息工程大学 | 软件工程 | C+ |
| 8 | 南京信息工程大学 | 管理科学与工程 | C+ |
| 9 | 南京信息工程大学 | 生态学 | C |
| 10 | 南京信息工程大学 | 地理学 | C- |
| 11 | 南京信息工程大学 | 光学工程 | C- |
| 12 | 南京信息工程大学 | 工商管理 | C- |
