包头医学院成立于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通高等医学院校，建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。1965年，改为包头医学专科学校。1978年，教育部批准恢复包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2004年12月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。
学校坐落于内蒙古自治区包头市，占地面积67万余平方米，建筑面积26万余平方米。经过59年建设和发展，已形成集全日制本科教育、研究生教育、继续教育、职业教育为一体的办学格局，以医学为主，管理学、理学、法学、文学、教育学多学科协调发展的学科体系。1997年通过原国家教委本科教学工作合格评估，2008年在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”,是自治区级文明单位。
学校有16个二级学院，有11个临床医学院，开设20个本科专业。有自治区级品牌专业5个，自治区级重点建设专业2个。预防医学专业是国家级特色专业建设点、教育部本科专业综合改革试点。
学校面向全国17个省、自治区招生。现有全日制学生9723人。学校累计为国家培养了6.5万余名毕业生，以1984届校友、中国工程院院士高长青为代表，大批优秀校友成为医疗卫生事业中的著名专家、学者，为国家和内蒙古自治区经济发展、社会进步做出了重要贡献。
学校自1980年开始招收硕士研究生，1986年获得硕士学位授权资格。现有4个硕士学位授权一级学科，3个硕士专业学位授权一级学科，2个硕士学位授权二级学科。现有国家临床重点建设专科1个；5个自治区临床医学领先学科，4个临床医学重点学科；3个内蒙古自治区高等教育系统重点学科，2个内蒙古自治区重点培育学科。
建有内蒙古自治区级重点实验室4个，内蒙古自治区医疗卫生系统重点实验室2个，内蒙古自治区级实验教学示范中心4个，内蒙古自治区工程技术研究中心3个。现有8个院士专家工作站，其中4个为内蒙古自治区和包头市两级，4个为包头市级。设有内蒙古自治区基因诊断研究所、内蒙古自治区应用解剖研究所、内蒙古自治区消化病研究所、内蒙古自治区高血压病研究所、内蒙古自治区全科医学培训中心等研究培训机构。
近年来，承担国家级科研项目57项，获得内蒙古自治区科学技术进步奖、自然科学奖共计二等奖5项、三等奖15项。
学校现有教职员工4279人，其中校本部762人。博士研究生导师3名，硕士研究生导师318名。享受国务院政府特殊津贴专家17人，内蒙古自治区突出贡献专家13人，内蒙古青年创新人才1人，内蒙古自治区“新世纪321人才工程”69人， “草原英才”个人10人，“草原英才”工程创新创业人才团队7个；享受包头市政府特殊津贴专家1人，包头市拔尖人才 6人，包头市“鹿城英才”工程创新创业人才18人，包头市“5512工程”领军人才26人，包头市“5512工程”创新团队8个。内蒙古自治区高等学校教学名师奖获得者9人，内蒙古自治区高等学校教坛新秀奖获得者7人，内蒙古自治区级教学团队9个。
学校有附属医院、教学医院和实习医院共计43所，其中2所为直属附属医院。有预防医学专业实践教学基地22个、药学专业实践教学基地18个、法医学专业实践教学基地13个，还有其他专业实践教学基地26个。
学校积极开展国际交流与合作，先后与韩国极东大学、澳大利亚拉筹伯大学、英国皇家英格兰外科学院、蒙古国国立医科大学、奥地利格拉茨大学中草药联合研究中心、美国Gilson公司等国外高校和科研机构建立交流合作关系。
包头医学院全体师生员工秉承“团结、敬业、求实、创新”的校训，弘扬“艰苦奋斗、自强不息、勤俭奉献”的精神，正在为把学校建设成为在国内有一定影响、在少数民族边疆地区处于先进水平、办学特色鲜明的高等医学院校而努力奋斗！
