若按校友会版大学排行榜看，上海海关学院2019年全国排名第548位；2018年全国排名第505位；2017年全国排名第508位；2016年全国排名第457位；2017年全国排名第443位；全国排名第588位；2013年全国排名第546位；2011年全国排名第554位；2010年全国排名第569位。以下是上海海关学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2019 | 548 | 上海海关学院 | 2 | 上海 | 财经 | 区域高水平大学 | |
| 2018 | 505 | 上海海关学院 | 1 | 上海 | 综合 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2017 | 508 | 上海海关学院 | 1 | 上海 | 综合 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2016 | 457 | 上海海关学院 | 1 | 上海 | 综合 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2015 | 443 | 上海海关学院 | 1 | 上海 | 政法 | 应用型 | 区域知名大学 |
| 2014 | 588 | 上海海关学院 | 上海 | 政法 | 应用型 | ||
| 2013 | 546 | 上海海关学院 | 上海 | 政法 | |||
| 2011 | 554 | 上海海关学院 | 上海 | 财经 | |||
| 2010 | 569 | 上海海关学院 | 上海 | 财经 |
若按金平果版本科院校排行榜看，上海海关学院2018年全国排名第748位；2017年全国排名第688位；2016年全国排名第705位；2017年全国排名第662位。以下是上海海关学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 所在地 | 省排名 |
|---|---|---|---|---|
| 2018 | 748 | 上海海关学院 | 上海 | 30 |
| 2017 | 688 | 上海海关学院 | 上海 | 29 |
| 2016 | 705 | 上海海关学院 | 上海 | 30 |
| 2015 | 662 | 上海海关学院 | 上海 | 30 |
