(一)农民工是工伤事故和职业病发病的高发群体，也是工伤保险漏保的主要群体
数据显示，2002年中国采掘业、制造业、建筑业工伤事故发生数，较2001年分别增长了23%、17%和16%,死亡人数分别增长了12%、15%和24%,而进入城市工作的农民工大多在上述高风险行业工作，受到的职业危害风险大大高于其他行业的从业人员，而他们往往又没有参加工伤保险。因此，一旦发生工伤事故，往往无法享受工伤赔偿的权益，大部分治疗康复费用由农民工自己承担，造成一定的家庭贫困。在治理建筑行业工伤事故方面，广州市采取了项目参保、实名享受、待遇相同、辖内同保!的参保模式，使其更适合建筑业工人流动性大、参保率低、事故频发的特点，突破了建筑农民工参保人数少的难点，至2008年12月，建筑等高风险行业农民工参加工伤保险人数已达16.91万，占这些行业参加工伤保险总人数的85.74%。
(二)工伤保险费费率分类较粗糙，不够精细
中华人民共和国工伤保险条例规定，根据不同行业的工伤事故风险和职业危害程度确定不同的行业费率。但是，在制度实践中，由于管理理念、管理成本、管理技能和制度执行成本等多方面的原因，大部分省市只是简单地对不同行业的工伤事故风险和职业危害程度进行划分，导致工伤保险费率分类简单粗糙，不够精细，影响企业对费率的认同，不利于提升企业的参保积极性。按照广州目前工伤保险费征收比例，确定工伤保险费是根据一、二、三类行业的工伤风险程度分别按上年度用人单位职工工资总额的0.5%、1.0%、1.5%的比例予以征集，将行业工伤风险由四类调整为三类，比国家规定缴费上限2.0%降低到1.5%。但是，不同的行业差别非常大，仅划分为三类显得粗糙，不能有效激励参保主体企业进行工伤预防和劳动安全环境构建，需要借鉴世界其他国家的相关做法结合不同企业和行业特点进一步精细化。
(三)理赔程序繁琐和人员设置不足影响程序公正性及索赔时间
研究表明，当人均GDP超过一千美元，社会发展将进入社会矛盾和公共服务需求的凸显期。在这一时期，政府将朝服务型政府转型或发展，政府内部提供公共服务的部门将处于应对公民公共服务需求的部门扩张状态。在实践中，由于劳动力价值或人的价值的相对提升，农民工对工伤保险服务的需求得到发展，政府应该对这种服务需求做出应有的回应。
农民工工伤保险制度面临参保率不高、保险费率分类粗糙、五险捆绑同征的政策规定与农民工先行参加工伤保险的政策冲突等一系列问题。这些问题的存在反映了农民工基本劳动权益保障的缺损，不利于农民工有效融入城市，对社会保障公共服务均等化和社会稳定目标的实现形成挑战。
