应用软件系统包括以下三个层面的功能：
1、新型农村合作医疗统一集成门户平台 门户平台是整个新农合信息系统的统一入口，需要了实现各级新农合业务管理系统与其他相关的卫生行政管理系统的业务集成，实现各类新旧应用系统和异构系统的业务流程整合与业务数据的集成，完成权限统一控制、业务交互、补偿公示、信息交互等一系列功能。
2、新型农村合作医疗业务综合处理平台 集中管理各级农民健康信息和新型农村合作医疗信息，实现人的整个生命周期健康信息的完整记录；采用统一规范化、标准化的设计，实现农民的合作医疗参合管理、各类疾病补偿管理、新农合基金的统筹管理、财务会计核算、综合统计与查询、动态配置与维护等。
3、新型农村合作医疗统一数据中心管理平台 数据中心管理平台实现多数据源存储与管理，各类数据采集，异构数据统一交换等，建立各级新型农村合作医疗基础数据交换平台和建立统一的新型农村合作医疗信息数据库，集中存储管理和利用农民健康信息和新型农村合作医疗信息。
在整个医疗卫生信息平台的数据交换基础上，实现各级新型农村合作医疗管理与经办机构、各级医院、农村卫生服务机构之间医疗卫生信息共享，实现农村群众在各级医院看病时，能够直接获取补偿, 为各级领导提供完整的农民健康信息、疾病信息和新型农村合作医疗信息，为领导决策提供数据支持。
新农合系统是通过组织新农合业务专家与计算机专家对新农合信息化进行综合分析与研究的结果，实现新农合信息化上述总体建设目标，并重点解决如下的难点问题：
1、由于新型农村合作医疗工作开展是近几年提出来的，作为解决“三农”问题的重大国策，国家已经推出了一系列的指导意见和相关政策，并且各级政府部门也每年逐步配套不少财政资金，但总体来说，全国的新农合工作还处于逐步试点探索与积累调整的过程，这就给软件需求带来有很多不确定性，因此对新型农村合作医疗信息化管理系统提出了较高的扩展性和灵活调整的要求。
2、由于在农民的医疗补偿问题上，国家只有宏观指导性的意见，各级基层农村医疗管理单位可根据不同地区、不同时期、不同病种、不同的药品使用情况、不同的补偿起付线等各类不同情况，制定不同的补偿办法与政策规则，这就要求应用软件能够适应复杂而且动态的逻辑计算，以完成各类补偿的运算。另外，由于报帐点终端众多，给应用软件提出了电信级并发计算的要求。
3、由于新型农村合作医疗信息化管理系统涉及具体的资金日常出入，且资金交易范围涉及广大农村区域与复杂的环境，需要严谨的保证资金交易的可靠性与安全性。
4、由于新型农村合作医疗信息化管理系统需要完成与各级医院的数据交互，简化农民的获取医疗补偿的程序，实现农民在医院就医时就能够直接完成看病补偿的报销，这就要求系统能够与不同时期建设、采用不同架构与技术开发的医院信息管理系统（HIS）实现快捷、高效、可靠的数据交互。
(1)、2021年达州新农合报销比例及报销流程范文规定
新农合在不同的地方报销比例不同，尤以在本辖区医院报销比例最高，本市异地报销比例相应较低，而跨省就医，很多则无法进行报销，那么，新农合异地报销比例是多少？如何报销？报销多久到账呢？新农合报销分类如下：新农合的报销主要可以分为门诊报销、住院报销和大病报销三类，三类报销比例如下：一、新农合门诊报销比例。1、村卫生室、卫生所报销比例60%。2、镇卫生院报销比例40%。3、二级医院报销比例30%。4、三级医...查看更多
(2)、2021年广安新农合报销比例及报销流程范文规定
现在中国的养老问题都是老百姓比较关注的话题，尤其是看病问题，如果没有国家医保，很多重大疾病治疗的费用很高，很多人都只能放弃治疗，为了帮助农村人民减轻医疗负担，解决农民的医疗困难问题，新型农村合作医疗就出现了，农民每年支付一少部分钱，在看病的时候可以报销很多医疗费用，解决了看病难题，接下来一起去看看2020年新农合医疗报销比例及缴费标准吧！一、2020年新农合医疗报销比例1、门诊补偿：（1）村卫生室...查看更多
(3)、2021年宜宾新农合报销比例及报销流程范文规定
新农合在不同的地方报销比例不同，尤以在本辖区医院报销比例最高，本市异地报销比例相应较低，而跨省就医，很多则无法进行报销，那么，新农合异地报销比例是多少？如何报销？报销多久到账呢？新农合报销分类如下：新农合的报销主要可以分为门诊报销、住院报销和大病报销三类，三类报销比例如下：一、新农合门诊报销比例。1、村卫生室、卫生所报销比例60%。2、镇卫生院报销比例40%。3、二级医院报销比例30%。4、三级医...查看更多
(4)、2021年南充新农合报销比例及报销流程范文规定
我们都知道，国家为了解决农村看病贵、看病难的情况，在全国各地实施了新型农村合作医疗制度，由于各地的情况不一样，所以在收费上也有所不同，其实早在2018年的时候，新农合的费用就已经涨到了220元一年。所以，为了补足这个差额，很多地方在收取2019年的费用时，都会高出220元，这也是为何有些地方是220、有些地方是240元、或者280元的原因，其实收费标准都是一样的。很多农民朋友对2019年新农合报销...查看更多
(5)、2021年乐山新农合报销比例及报销流程范文规定
现在中国的养老问题都是老百姓比较关注的话题，尤其是看病问题，如果没有国家医保，很多重大疾病治疗的费用很高，很多人都只能放弃治疗，为了帮助农村人民减轻医疗负担，解决农民的医疗困难问题，新型农村合作医疗就出现了，农民每年支付一少部分钱，在看病的时候可以报销很多医疗费用，解决了看病难题，接下来一起去看看2020年新农合医疗报销比例及缴费标准吧！一、2020年新农合医疗报销比例1、门诊补偿：（1）村卫生室...查看更多
(6)、2021年内江新农合报销比例及报销流程范文规定
内江正式施行《内江市城乡基本医疗保险实施办法》(以下简称《办法》),一个名叫“城乡基本医疗保险”的险种正式进入内江人民的生活。一个崭新的名字,一个崭新的制度。记者从市医疗保险管理局政策咨询宣教科了解到,城乡基本医疗保险是将原来的城镇基本医疗保险、新型农村合作医疗“合二为一”,覆盖原来的职工、城镇居民、农村居民三类参保人群的一项基本医疗保险制度。《办法》全文7400余字,包括总则、参保缴费、医保待遇...查看更多
(7)、2021年遂宁新农合报销比例及报销流程范文规定
农村合作医疗缴费，没有什么年限的，今年交，今年就享受医疗报销，明年不交，就不能享受医疗报销！2019年缴费标准和2018年标准接近，个别地区会有所上涨。新农合缴费上涨，那么新农合的报销比例也会有所上涨。如果是在乡级医院就诊，医疗费用超过800的部分，报销比例是高达90%.其他情况的报销比例如下： 一、门诊：村卫生室就诊报销60%,而医院级别越高报销比例越低。住院：镇卫生院报销60%,三级...查看更多
(8)、2021年广元新农合报销比例及报销流程范文规定
广元人，定了！城镇居民医保和新农合将统一！报销范围更广比例更高...国家医保局会同财政部日前印发《关于做好2019年城乡居民基本医疗保障工作的通知》，要求全面建立统一的城乡居民医保制度。目前，我国已有24个省份完成城乡居民医保制度整合工作，其余7个省份城镇居民医保和新农合仍是并轨运行。通知重点针对两项制度尚未完全整合统一的地区，明确要求加快整合力度，于2019年底前实现两项制度并轨运行向统一的居民...查看更多
(9)、2021年绵阳新农合报销比例及报销流程范文规定
绵阳人！城镇居民医保和新农合将统一！报销范围更广比例更高...国家医保局会同财政部日前印发《关于做好2019年城乡居民基本医疗保障工作的通知》，要求全面建立统一的城乡居民医保制度。目前，我国已有24个省份完成城乡居民医保制度整合工作，其余7个省份城镇居民医保和新农合仍是并轨运行。通知重点针对两项制度尚未完全整合统一的地区，明确要求加快整合力度，于2019年底前实现两项制度并轨运行向统一的居民医保制...查看更多
(10)、2021年德阳新农合报销比例及报销流程范文规定
现在中国的养老问题都是老百姓比较关注的话题，尤其是看病问题，如果没有国家医保，很多重大疾病治疗的费用很高，很多人都只能放弃治疗，为了帮助农村人民减轻医疗负担，解决农民的医疗困难问题，新型农村合作医疗就出现了，农民每年支付一少部分钱，在看病的时候可以报销很多医疗费用，解决了看病难题，接下来一起去看看2020年新农合医疗报销比例及缴费标准吧！一、2020年新农合医疗报销比例1、门诊补偿：（1）村卫生室...查看更多
5、由于各级新型农村合作医疗管理系统之间，新农合系统与各级卫生行政单位的现有其他系统之间有大量的业务与信息交互，需要通过统一门户，实现单点统一登录、权限的统一控制、业务集成等功能。
6、由于新型农村合作医疗工作开展是一个逐步试点发展的过程，各级管理领导需要随时掌握新农合工作的开展情况，应用软件可通过前沿的技术手段为各级领导的总结经验与做出决策提供数据支持。
