凡参合对象，报销流程如下：
参合农民持《新农合证》在定点机构门诊治疗，由定点医疗机构按《新农合证》家庭门诊帐户诊帐户现有的金额直接减免医药费用，超出部由参合农民自付。定点医疗机构应及时与农医所进行结算。
参合农民在市、县、乡定点医疗机构住院治疗的，由该定点医疗机构进行直补。由定点医疗机构对其发生的医药费用进行审核，按实施办法规定标准垫付应补助金额。
参合农民在省级定点医疗机构和非定点医疗机构住院治疗的，一律到乡镇农医所补偿。其住院医疗费用一次性在2000元以下(含2000元)的由乡(镇)农医所审核报销，2000元以上或对住院资料有疑问的由乡(镇)农医所审核后交县农医局复核批准后方可报销。
申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院发票原件和发票复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院发票原件到商业保险公司赔付。发票复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
住院费用实行限时报结制度，出院后三个月内可随时办理补偿结算手续，超过三个月的视为自行放弃补偿(外出务工者可延迟到年底)。农医所按实施办法规定标准应补偿的金额在10个工作日内支付给参合农民。
