福建省共有28所在二本批次招生的大学参与了2016福建二本大学排名理科，其中排名第一的是厦门理工学院，排名第二的是福建江夏学院，排名第三的是闽江学院。
以下是福建二本大学排名2016具体榜单，根据2015年理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
2016福建二本大学排名理科
| 厦门二本大学排名 | 学校名称 | 录取线差 | 省市分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 厦门理工学院 | 107 | 410(第二批) | 517 |
| 2 | 福建江夏学院 | 101 | 410(第二批) | 511 |
| 3 | 闽江学院 | 98 | 410(第二批) | 508 |
| 4 | 福建工程学院 | 97 | 410(第二批) | 507 |
| 5 | 福建警察学院 | 95 | 410(第二批) | 505 |
| 6 | 莆田学院 | 91 | 410(第二批) | 501 |
| 7 | 福建中医药大学 | 86 | 410(第二批) | 496 |
| 8 | 厦门大学嘉庚学院 | 83 | 410(第二批) | 493 |
| 9 | 集美大学诚毅学院 | 71 | 410(第二批) | 481 |
| 10 | 宁德师范学院 | 69 | 410(第二批) | 479 |
| 11 | 三明学院 | 67 | 410(第二批) | 477 |
| 12 | 龙岩学院 | 67 | 410(第二批) | 477 |
| 13 | 武夷学院 | 62 | 410(第二批) | 472 |
| 14 | 闽南师范大学 | 60 | 410(第二批) | 470 |
| 15 | 泉州师范学院 | 57 | 410(第二批) | 467 |
| 16 | 福州大学至诚学院 | 57 | 410(第二批) | 467 |
| 17 | 福建师范大学协和学院 | 48 | 410(第二批) | 458 |
| 18 | 仰恩大学 | 41 | 410(第二批) | 451 |
| 19 | 福建农林大学金山学院 | 35 | 410(第二批) | 445 |
| 20 | 厦门工学院 | 34 | 410(第二批) | 444 |
| 21 | 福建农林大学东方学院 | 30 | 410(第二批) | 440 |
| 22 | 阳光学院 | 24 | 410(第二批) | 434 |
| 23 | 福州理工学院 | 24 | 410(第二批) | 434 |
| 24 | 福建师范大学闽南科技学院 | 18 | 410(第二批) | 428 |
| 25 | 福州外语外贸学院 | 17 | 410(第二批) | 427 |
| 26 | 厦门华厦学院 | 14 | 410(第二批) | 424 |
| 27 | 闽南理工学院 | 14 | 410(第二批) | 424 |
| 28 | 泉州信息工程学院 | 12 | 410(第二批) | 422 |
